那时恰逢苏联解体不久，俄罗斯上上下下一片混乱，一些地方政府机构抗拒中央政府，鼓吹独立，拒不交税。鞑靼共和国甚至要废除俄语，抗拒政府征兵。有些地区激进的改革派智囊，甚至提出了解散俄罗斯联邦的政治主张。但普京在这个位置上就呆了两个月，在他正要大干一场的时候，他被叶利钦调走了，出任俄罗斯安全局局长。
斯捷帕申以为自己成为叶利钦继承人已是板上钉钉的事情，他便开始以未来总统候选人的身份四处活动。他开始与久加诺夫的俄共、卢日科夫的莫斯科集团、丘拜斯的改革派等各方政治势力大搞妥协，甚至与车臣恐怖分子讨价还价，这令叶利钦极为不满。1999年6月，叶利钦决定撤换接班人。
再说，叶利钦时代，别列佐夫斯基和普京的关系，一直若即若离。普京自己曾坦言他和别列佐夫斯基的私交：“我和别列佐夫斯基算不上关系亲近的人。有时候，他给我打电话，说要见个面，我就想，见就见，没准能听到他什么高见。”可见，普京在处理和别列佐夫斯基的关系时，非常功利。
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普京在鲍罗金的手下干了半年多，1997年3月7日，推荐普京进入克里姆林宫的丘拜斯高升俄罗斯第一副总理兼财政部部长。因此，普京的工作也有了调整，他调任总统办公厅监察总局局长，他就是在这个职位上，进入了总统叶利钦和总统办公厅主任尤马舍夫的视线。
1997年11月，萨博恰克因为卷入刑事案件，面临逮捕和起诉。就在这个关键时候，已经在总统办公厅任职的普京，上演了一幕拯救恩师的壮举。他为萨博恰克悄悄搞到一架芬兰航空公司的飞机，成功协助萨博恰克逃到境外，还找人支付了全部费用，使得萨博恰克避于牢狱之灾。