香港证券市场与内地证券市场在证券资金的交收期安排上存在差异，港股通交易的交收期为T+2日。如果投资者卖出证券，在交收完成前仍享有该证券的权益；如果投资者买入证券，在交收完成后才享有该证券的权益。
同时，港股通交易的交收可能因香港出现台风或黑色暴雨等发生延迟交收。
对于在联交所上市公司派发的现金红利，由于中国结算需要在收到香港中央结算有限公司(以下简称“香港结算”)派发的外币红利资金后进行换汇、清算、发放等业务处理，投资者通过港股通业务获得的现金红利将会较香港市场有所延后。
由于香港市场的费用收取或汇率的大幅波动等原因，可能会引起投资者账户的透支，因此，投资者应当关注账户内的余额。
港股通交易境内结算实施分级结算原则。投资者可能面临以下风险：(一)因结算参与人未完成与中国结算的集中交收，导致投资者应收资金或证券被暂不交付或处置；(二)结算参与人对投资者出现交收违约导致投资者未能取得应收证券或资金；(三)结算参与人向中国结算发送的有关投资者的证券划付指令有误的导致投资者权益受损；(四)其他因结算参与人未遵守相关业务规则导致投资者利益受到损害的情况。
香港市场收费标准与内地市场收费标准不同，香港地区与内地在税收安排方面也存在差异，投资者买卖港股通股票，应当按照香港市场有关规定交纳相关费用，并按照香港地区相关规定缴纳税款。因此，投资者在参与交易前，应提前了解相关信息。
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